Die ersten schriftlichen Quellen über Lotsen existieren aus dem Mittelalter. Es waren noch keine Berufslotsen, sondern häufig erfahrene Seeleute mit besonderen Orts- und Revierkenntnissen. Es finden sich Hinweise über Lotstarife, allerdings auch über Disziplinarstrafen.

Solch drastische Bestrafungen mussten unsere Vorgänger auf der Weser wohl nicht erleiden, zumindest gibt es darüber keine schriftlichen Quellen.

Die ersten Seelotsen in der Deutschen Bucht waren sicherlich Helgoländer Fischer, die sich mit der Lotstätigkeit ein Zubrot verdienten. Ende des 16. Jahrhunderts werden das erste Mal „Bremer Lootsen“ erwähnt, die ihre Schiffe an der Schlachte anlegten. Da damals nicht nur die Häfen, sondern auch die Weser in der Verantwortung der Stadt Bremen standen, war der Bremer Senat Ansprechpartner, und teilweise auch Aufsichtsbehörde, für die Lotsen auf diesem Revier. Aus dieser gleichzeitigen Verantwortung für Fluss und Hafen ergab sich auch die Selbstverständlichkeit, dass die Weserlotsen ihre Schiffe in Bremen bis an die Pier brachten. Diese „Bremensie“ (Fluss- und Hafenlotsung) hat sich über Jahrhunderte bewährt, und wird auch heute noch so praktiziert.

Obwohl sich die Aufgaben der Bremer Lotsen in den vielen Jahren kaum verändert haben, wurden die Organisationsformen immer wieder den wirtschaftlichen und rechtlichen Notwendigkeiten angepasst.

Aus den „Bremer Lootsen“ wurde nach Gründung des Deutschen Reiches „Die bremische Flußlotsengesellschaft“. Aufsichtsbehörde war die Stadt Bremen, vertreten durch den Hafenkapitän. Nach dem Übergang (1921) der Weser von Bremen auf das Reich (Reichswasserstraße → Bundeswasserstraße) musste auch das Lotswesen neu geregelt werden. Zwischen den Weserseelotsen (heute: Weser II / Jade) und den Weserflußlotsen (heute: Weser I) erfolgte eine scharfe Trennung. Die Oldenburgischen Seelotsen, welche bis dahin den Lotsdienst zwischen Bremerhaven und den Häfen Nordenham, Brake und Elsfleth ausgeübt hatten, wurden in die neue „Weserflußlotsengesellschaft“ integriert. Der Posten eines Direktors für das Weserlotswesen (heute ≈ Generaldirektion Wasserstraßen und Schifffahrt (GDWS) - Außenstelle Seelotswesen BHV) wurde neu als Aufsichtsbehörde geschaffen.

Nach dem 2. Weltkrieg wurde das gesamte deutsche Seelotswesen neu geordnet. Aus den unterschiedlichen Rechtsformen der einzelnen Brüderschaften wurden sechs (heute: sieben) Körperschaften des öffentlichen Rechts. Daneben gibt es noch die Hafenlotsen in Bremerhaven und Hamburg. Der Bund (vertreten durch die GDWS) ist zuständig für die rechtlichen Rahmenbedingungen und die Infrastruktur (Boote, Stationen, etc.). Die Brüderschaften sorgen für eine ständige (24 / 7) Verfügbarkeit ihrer Lotsen im Dienste für die Schifffahrt.